El Instituto de Geografía Tropical consta de la Dirección y siete Vicedirecciones:

• VICEDIRECCIÓN CIENTÍFICA
• VICEDIRECCIÓN DE ESTUDIOS GEOGRÁFICOS
• VICEDIRECCIÓN DE GEOMÁTICA
• VICEDIRECCIÓN DE MEDIO AMBIENTE
• VICEDIRECCIÓN DE DESARROLLO TECNOLÓGICO
• VICEDIRECCIÓN ECONÓMICA
• VICEDIRECCIÓN ADMINISTRATIVA

Esquema de la Estructura Institucional